Una delle funzionalità essenziali di aptitude (che è stata integrata anche in apt-get a partire da Lenny) è il tracciamento dei pacchetti installati solo attraverso dipendenze. Questi pacchetti sono chiamati "automatici" e sono contrassegnati con una "A" nella lista dei pacchetti: spesso includono per esempio librerie. Quando un pacchetto è rimosso, i corrispondenti pacchetti automatici vengono selezionati per la rimozione a meno che un altro pacchetto "installato manualmente" non dipenda da loro. È possibile contrassegnare un pacchetto come automatico (con Maiusc+m) o rimuovere il contrassegno (tasto m). Quando si mantiene il sistema con aptitude, è buona abitudine contrassegnare come automatico ogni pacchetto che non serve direttamente così che venga rimosso quando diventa non più necessario. È possibile scorrere la lista dei pacchetti installati e giocare con Maiusc+m, o applicare il contrassegno ad intere sezioni (per esempio la sezione libs). Questa abitudine può aiutare a mantenere il sistema pulito e offre un modo semplice per visualizzare i pacchetti in uso sulla macchina, senza tutte le librerie e dipendenze che non interessano realmente. Il modello relativo che può essere usato con l (per attivare la modalità filtro) è ~i!~M. Ciò specifica che si desidera visualizzare solo i pacchetti installati (~i) non contrassegnati come automatici (!~M).

Si potrebbe voler sapere perché un pacchetto installato automaticamente è presente nel sistema. Per ottenere queste informazioni dalla riga di comando, è possibile utilizzare aptitude why pacchetto:

$  aptitude why python-debian
i   aptitude         Raccomanda apt-xapian-index         
i A apt-xapian-index Dipende    python-debian (>= 0.1.15)

# aptitude markauto '~slibs|~sperl'

Un'altra caratteristica interessante di aptitude è il fatto che rispetta le raccomandazioni tra i pacchetti, pur dando agli utenti la scelta di non installarle caso per caso. Ad esempio, il pacchetto gnome-desktop-environment raccomanda gnome-accessibility (tra gli altri). Quando si seleziona il primo per l'installazione, viene selezionato anche il secondo (e contrassegnato come automatico se non già installato sul sistema). Digitare g renderà la cosa evidente: gnome-accessibility viene visualizzato nella schermata di riepilogo delle operazioni pianificate nell'elenco dei pacchetti installati automaticamente per soddisfare le dipendenze. Tuttavia, è possibile decidere di non installarlo deselezionandolo prima di confermare le operazioni.

Si noti che questa funzione di tracciamento delle raccomandazioni non si applica agli aggiornamenti. Per esempio, se una nuova versione di gnome-desktop-environment raccomanda un pacchetto che non raccomandava precedentemente, il pacchetto non viene contrassegnato per l'installazione. Tuttavia, esso sarà elencato nella schermata di aggiornamento in modo che l'amministratore possa sempre selezionarlo per l'installazione.

Anche i suggerimenti tra i pacchetti sono presi in considerazione, ma in un modo adatto al loro stato specifico. Per esempio, dal momento che gnome-desktop-environment suggerisce gnome-audio, quest'ultimo sarà visualizzato nella schermata riassuntiva delle azioni in sospeso (nella sezione dei pacchetti suggeriti da altri pacchetti). In questo modo, è visibile e l'amministratore può decidere se prendere in considerazione il suggerimento o meno. Dal momento che sono solo suggerimenti e non dipendenze o raccomandazioni, il pacchetto non verrà selezionato automaticamente: la sua selezione richiede un intervento manuale da parte dell'utente (quindi, il pacchetto non verrà contrassegnato come automatico).

Con lo stesso spirito, si ricordi che aptitude fa un uso intelligente del concetto di task. Dal momento che i task vengono visualizzati come categorie nelle schermate delle liste di pacchetti, è possibile selezionare un'intera attività per l'installazione o rimozione, o sfogliare la lista dei pacchetti inclusi nell'attività per selezionarne un insieme più piccolo.

Per concludere questa sezione, si noti che aptitude ha degli algoritmi più elaborati rispetto ad apt-get quando si tratta di risolvere situazioni difficili. Quando è richiesto un insieme di azioni e quando queste azioni combinate potrebbero portare ad un sistema incoerente, aptitude valuta i diversi scenari possibili e li presenta in ordine decrescente di rilevanza. Tuttavia, questi algoritmi non sono infallibili. Fortunatamente c'è sempre la possibilità di selezionare manualmente le azioni da eseguire. Quando le azioni attualmente scelte portano a contraddizioni, la parte superiore dello schermo indica un numero di pacchetti "difettosi" (e si può navigare direttamente fra questi pacchetti premendo b). È dunque possibile costruire manualmente una soluzione al problema riscontrato. In particolare, è possibile ottenere l'accesso alle differenti versioni disponibili semplicemente selezionando il pacchetto con Invio. Se la selezione di una di queste versioni risolve il problema, non si dovrebbe esitare a usare quella funzione. Quando il numero di pacchetti difettosi raggiunge lo zero, si può andare senza problemi alla schermata riepilogativa delle azioni in attesa per un ultimo controllo prima di applicare i cambiamenti.