L'interfaccia grafica fornisce solo uno spazio per la visualizzazione. Far girare il server X da solo porta soltanto a uno schermo vuoto, che è il motivo per cui la maggior parte delle installazioni usano un display manager per visualizzare uno schermo per l'autenticazione dell'utente e avviare il desktop grafico una volta che l'utente si è autenticato. I tre display manager più popolari attualmente in uso sono gdm3 (GNOME Display Manager), kdm (KDE Display Manager) e xdm (X Display Manager). Poiché gli amministratori della Falcon Corp hanno optato per usare l'ambiente desktop GNOME, logicamente hanno scelto anche gdm3 come display manager. Il file di configurazione /etc/gdm3/daemon.conf ha molte opzioni, alcune delle quali possono essere impostate anche tramite gdmsetup, un'interfaccia grafica per la configurazione di gdm3 che può essere avviata dal menu Sistema → Amministrazione → Schermo nel desktop GNOME.

Dal momento che ogni desktop grafico fornisce il proprio window manager, la scelta del primo di solito implica la scelta di alcuni software di quest'ultimo. GNOME usa il window manager metacity, KDE usa kwin e XFce (che sarà presentato in seguito) ha xfwm. La filosofia Unix permette sempre di usare il proprio window manager preferito, ma seguire le raccomandazioni permette a un amministratore di sfruttare al meglio gli sforzi di integrazione guidati da ciascun progetto.

I computer più vecchi, tuttavia, potrebbero avere difficoltà a far girare ambienti desktop grafici pesanti. In questi casi, è opportuno usare una configurazione più leggera. I window manager «leggeri» (o dall'impronta piccola) includono WindowMaker (nel pacchetto wmaker), Afterstep, fvwm, icewm, blackbox, fluxbox od openbox. In questi casi, si dovrebbe configurare il sistema in modo che il window manager appropriato abbia la precedenza; il modo standard è di cambiare l'alternativa x-window-manager con il comando update-alternatives --config x-window-manager.

I moderni ambienti desktop e molti window manager forniscono dei menu che elencano le applicazioni disponibili all'utente. Per poter tenere aggiornati i menu con l'effettivo insieme di applicazioni disponibili, Debian ha creato un database centralizzato che registra tutte le applicazioni installate. Quando un pacchetto viene installato, si registra in quel database e dice al sistema di aggiornare i menu di conseguenza. Questa infrastruttura viene gestita nel pacchetto menu.

Quando un pacchetto fornisce un'applicazione che dovrebbe apparire nel sistema di menu, questi memorizza un file nella directory /usr/share/menu/. Quel file descrive alcune delle funzionalità dell'applicazione (incluso se è un'applicazione grafica o no) e la posizione migliore per essa nella gerarchia dei menu. Quindi lo script di post-installazione di questo pacchetto esegue il comando update-menus, che a sua volta aggiorna tutti i file richiesti. Questo comando non può conoscere tutti i tipi di menu usati dalle applicazioni installate. Di conseguenza, i pacchetti che mostrano un menu devono fornire uno script eseguibile che sarà invocato con tutte le informazioni richieste dal file di menu; lo script a questo punto deve trasformare queste informazioni in elementi che verrano usati dall'applicazione che fornisce i menu. Questi script di filtro sono installati nella directory /etc/menu-methods/.

Inoltre, l'amministratore può dire la sua nel processo e nei menu generati di conseguenza. Per prima cosa, può cancellare un elemento di un menu anche quando l'applicazione corrispondente è installata, semplicemente memorizzando in /etc/menu/ un file vuoto il cui nome è scelto in base al pacchetto che fornisce le voci da disabilitare. Secondo, il menu può essere riorganizzato e le sezioni rinominate o raggruppate. Il file /etc/menu-methods/translate_menus è il luogo in cui viene definita questa riorganizzazione e contiene esempi commentati. Infine, nuovi elementi possono essere aggiunti al menu, per esempio per avviare programmi installati al di fuori del sistema di pacchettizzazione o per eseguire un particolare comando, ad esempio avviare un browser web su una pagina particolare. Questi elementi aggiuntivi sono specificati nei file /etc/menu/local.elemento, che hanno lo stesso formato di altri file di menu disponibili sotto /usr/share/menu/.