Lo strumento di riferimento per l'instradamento dinamico è attualmente quagga (dal pacchetto omonimo in Debian); sostituisce il precedente zebra, il cui sviluppo è stato interrotto. Tuttavia, per ragioni di compatibilità, il progetto quagga ha mantenuto i nomi dei programmi eseguibili, questo spiega perché più sotto vengano usati comandi zebra.

Quagga è un insieme di demoni che collaborano per definire le tabelle di instradamento che il kernel Linux deve utilizzare; ogni protocollo di instradamento (particolarmente BGP, OSPF e RIP) fornisce il proprio demone. Il demone zebra raccoglie le informazioni provenienti da altri demoni e gestisce le tabelle di instradamento statico di conseguenza. Gli altri demoni sono bgpd, ospfd, ospf6d, ripd e ripngd.

I demoni vengono attivati modificando il file /etc/quagga/daemons e creando il file di configurazione appropriato in /etc/quagga/. Affinché lo script /etc/init.d/quagga possa richiamare il demone, questo file di configurazione deve avere lo stesso nome del demone seguito da un'estensione .conf, e deve appartenere all'utente quagga e al gruppo quaggavty.

La configurazione di ciascuno di questi demoni richiede la conoscenza del protocollo di instradamento in questione. Questi protocolli non possono essere descritti in dettaglio qui, ma il pacchetto quagga-doc fornisce una spiegazione ampia in forma di file info. Gli stessi contenuti possono essere consultati più facilmente in HTML sul sito di Quagga: . Inoltre, la sintassi è molto vicina all'interfaccia di configurazione di un router standard, per questo gli amministratori di rete si adattano rapidamente a quagga.