Els paquets instal·lats corresponen als perfils seleccionats durant la instal·lació, però no necessàriament a l'ús que es farà de la màquina. Com a tal, potser voldreu utilitzar una eina de gestió de paquets per refinar la selecció dels paquets instal·lats. Les dues eines més utilitzades (que s'instal·len si s'escull el perfil de l'entorn d'escriptori de Debian) són apt (accessible des de la línia d'ordres) i synaptic (“Synaptic Package Manager” en els menús).

Per facilitar la instal·lació de grups coherents de programes, Debian crea “tasques” que es dediquen a usos específics (servidor de correu, servidor d'arxius, etc.). Ja heu tingut l'oportunitat de seleccionar-les durant la instal·lació, i podeu accedir-hi de nou gràcies a les eines de gestió de paquets com aptitude (les tasques es llisten en una secció diferent) i synaptic (a través del menú Edit → Marcar paquets per tasca…).

Aptitude és una interfície per APT en mode de text de pantalla completa. Permet a l'usuari navegar per la llista de paquets disponibles d'acord amb diverses categories (paquets instal·lats o no instal·lats, per tasca, per secció, etc.), i per veure tota la informació disponible en cadascuna d'elles (dependències, conflictes, descripció, etc.). Cada paquet pot ser marcat “instal·lar” (per instal·lar-lo, tecla +) o “eliminar” (per desinstal·lar-lo, tecla -). Totes aquestes operacions es duran a terme simultàniament una vegada que les hàgiu confirmat prement la tecla g (“g” de l'anglès «go!»). Si heu oblidat alguns programes, no us preocupeu; podreu executar aptitude altre cop una vegada s'hagi completat la instal·lació inicial.

Per descomptat, és possible no seleccionar cap tasca a instal·lar. En aquest cas, podeu instal·lar manualment el programari desitjat amb les comandes apt o aptitude (ambdues accessibles des de la línia d'ordres). Els paquets es poden trobar usant l'ordre apt-cache search task paraula-clau.

Generalment es requereix al principi un apt upgrade (una ordre utilitzada per actualitzar automàticament els programes instal·lats), especialment per a possibles actualitzacions de seguretat publicades després de l'última versió estable de Debian. Aquestes actualitzacions poden implicar algunes preguntes addicionals a través de debconf, l'eina estàndard de configuració de Debian. Per a més informació sobre aquestes actualitzacions realitzades per apt, consulteu Secció 6.2.3, «Actualització del sistema».