Los paquetes instalados corresponden a los perfiles seleccionados durante la instalación pero no necesariamente para el uso que se le dará realmente al equipo. Por lo tanto, podría desear utilizar una herramienta de gestión de paquetes para refinar la selección de paquetes instalados. Las dos herramientas utilizadas más frecuentemente (que son instaladas si se eligió el perfil «Entorno Debian de escritorio») son apt (disponible desde la línea de órdenes) y synaptic («Administrador de paquetes Synaptic» en el menú).

Para facilitar la instalación de grupos de programas coherentes, Debian crea «tareas» dedicadas a usos específicos (servidor de correo, servidor de archivos, etc.). Tuvo oportunidad de seleccionarlos durante la instalación y puede accederlos nuevamente gracias a herramientas de gestión de paquetes como aptitude (las tareas se encuentran en una sección particular) y synaptic (a través del menú Editar → Marcar paquetes por tarea...).

Aptitude es una interfaz para APT de pantalla completa en modo texto. Permite al usuario navegar la lista de paquetes disponibles según varias categorías (paquetes instalados o no instalados, por tarea, por sección, etc.) y revisar toda la información disponible para cada uno de ellos (dependencias, conflictos, descripción, etc.). Cada paquete puede ser marcado «install» (para instalar, la tecla +) o «remove» (para eliminar, la tecla -), Se realizarán todas estas operaciones simultáneamente una vez que las confirme presionando la tecla g (por «go!», «¡adelante!»). Si se olvidó algunos programas no se preocupe; podrá ejecutar aptitude nuevamente una vez que se completó la instalación inicial.

Por supuesto, se puede no seleccionar tarea alguna para instalar. En este caso, puede instalar manualmente el software deseado con apt-get o aptitude (ambos disponibles en la línea de órdenes).

Al principio, generalmente se necesitaba aptitude safe-upgrade (una orden utilizada para actualizar automáticamente los programas instalados), especialmente debido a posibles actualizaciones de seguridad publicadas desde la entrega de la última versión estable de Debian. Estas actualizaciones podrían requerir preguntas adicionales a través de debconf, la herramienta estándar para configuración en Debian. Para más información sobre estas actualizaciones realizadas por aptitude revise la Sección 6.2.3, “Actualización del sistema”.