Les paquets installés correspondent aux profils sélectionnés pendant l'installation, mais pas nécessairement à l'utilisation réelle qui sera faite de la machine. On lancera donc vraisemblablement un outil de gestion de paquets, pour affiner la sélection des paquets installés. Les deux outils les plus couramment utilisés (et qui sont installés si le profil Environnement graphique de bureau a été coché) sont apt (accessible en ligne de commande) et synaptic (Gestionnaire de paquets Synaptic dans les menus).

Pour faciliter l'installation d'ensembles logiciels cohérents, Debian crée des « tâches » dédiées à des usages spécifiques (serveur de messagerie, serveur de fichiers, etc.). On a déjà pu les sélectionner dans l'installateur et on peut y avoir de nouveau accès dans les outils de gestion de paquets comme aptitude (les tâches sont listées dans une section à part) et synaptic (par le menu, Édition → Sélectionner des paquets par tâche) ; tous les programmes qui les composent seront alors automatiquement installés.

aptitude est une interface à APT en mode texte plein écran. Elle permet de naviguer dans la liste des paquets disponibles selon différents classements (paquets installés ou non, par tâche, par section, etc.) et de consulter toutes les informations disponibles à propos de chacun d'entre eux (dépendances, conflits, description, etc.). Chaque paquet peut être marqué à installer (touche +) ou à supprimer (touche -). Toutes ces opérations seront effectuées simultanément après confirmation par appui sur la touche g (comme go, ou « allez ! »). En cas d'oubli de certains logiciels, aucun souci, il sera toujours possible d'exécuter à nouveau aptitude une fois l'installation initiale achevée.

Bien entendu, il est possible de ne sélectionner aucune tâche. Dans ce cas, il vous suffira d'installer manuellement les logiciels souhaités avec la commande apt ou aptitude (tous deux accessibles en ligne de commande).

Un premier apt upgrade (commande de mise à jour automatique des versions des logiciels installés) est généralement de rigueur, notamment en raison d'éventuelles mises à jour de sécurité parues depuis la publication de la dernière version stable de Debian. Ces mises à jour pourront impliquer quelques questions supplémentaires via debconf, l'outil de configuration standard de Debian. Pour plus d'informations sur les mises à jour effectuées par apt, on peut consulter la Section 6.2.3, « Mise à jour ».