Un paquet Debian de noyau installe l'image du noyau (vmlinuz-version), sa configuration (config-version) et sa table de symboles (System.map-version) dans /boot/. La table de symboles permet aux développeurs de comprendre le sens d'un message d'erreur du noyau (en son absence, les « oops » — équivalents dans le noyau des erreurs de segmentation des programmes de l'espace utilisateur, ces messages sont générés suite à un déréférencement de pointeur invalide — n'indiqueraient que des adresses mémoire numériques, informations inutiles si on ne sait pas à quels symboles elles correspondent). Les modules sont installés dans le répertoire /lib/modules/version/.

Les scripts de configuration du paquet génèrent automatiquement une image initrd (init ram disk) — cette dernière est un mini-système préparé en mémoire (ram disk) par le chargeur de démarrage et démarré par le noyau Linux dans le seul but de charger les modules nécessaires pour accéder au périphérique contenant le système Debian complet (par exemple le pilote pour les disques SATA). Enfin, les scripts de post-installation mettent à jour les liens symboliques /vmlinuz, /vmlinuz.old, /initrd.img et /initrd.img.old pour qu'ils pointent respectivement sur les deux derniers noyaux installés ainsi que leurs images initrd associées.

La plupart de ces tâches sont déléguées à des scripts présents dans les répertoires /etc/kernel/*.d/. Par exemple, l'intégration avec grub se fait par le biais de /etc/kernel/postinst.d/zz-update-grub et /etc/kernel/postrm.d/zz-update-grub, qui appellent update-grub lors de l'installation ou la suppression de paquets du noyau.

L'emploi fréquent d'apt a tendance à faire oublier l'existence de dpkg. Le moyen le plus simple d'installer un noyau compilé soi-même reste pourtant la commande dpkg -i paquet.deb. paquet.deb représente évidemment le nom d'un paquet linux-image, par exemple linux-image-3.16.7-ckt4-falcot_1_amd64.deb.

La configuration de base obtenue peut aussi bien devenir un serveur qu'un poste de bureautique et elle est reproductible en masse de façon semi-automatisée. Une machine en disposant n'est toutefois pas encore adaptée à un usage donné, c'est pourquoi l'administrateur doit à présent compléter la préparation. Pour cela, il commencera par mettre en place les couches logicielles basses appelées « services Unix ».