L'interface graphique n'est qu'un espace d'affichage... Si on se contente d'y exécuter le serveur X, l'écran restera désespérément vide. C'est pourquoi on installe habituellement un gestionnaire d'écran (display manager) affichant un écran d'authentification de l'utilisateur et exécutant ensuite son bureau graphique habituel. Les principaux gestionnaires d'écrans sont gdm3 (GNOME Display Manager), kdm (KDE Display Manager) et xdm (X Display Manager). Les administrateurs de Falcot SA ont retenu gdm3 puisqu'il s'associe logiquement à GNOME, le bureau graphique retenu. Le fichier /etc/gdm3/daemon.conf peut compter de nombreuses options de configuration (la liste se trouve dans /usr/share/gdm/gdm.schemas) pour contrôler son comportement, alors que /etc/gdm3/greeter.gsettings contient des paramètres pour la « session » dédiée à l'écran d'accueil (plus qu'une fenêtre d'identification, il s'agit d'un bureau graphique restreint avec des fonctionnalités liées à la gestion d'énergie et à l'accessibilité). Signalons que certains des paramètres les plus utiles pour les utilisateurs peuvent se configurer par l'intermédiaire du centre de contrôle GNOME.

Chaque bureau graphique étant accompagné de son propre gestionnaire de fenêtres, le choix du premier implique habituellement celui du second. GNOME emploie ainsi mutter (ou metacity pour le mode GNOME Classic) tandis que KDE exploite kwin. Xfce (présenté dans une prochaine section) dispose de xfwm. La philosophie Unix autorise toujours d'employer le gestionnaire de fenêtres de son choix, mais suivre les recommandations permet de profiter au mieux des efforts d'intégration effectués par chacun des projets.

Il se peut cependant que certains ordinateurs trop anciens peinent sous la lourdeur des bureaux graphiques ; dans ce cas, une configuration plus légère peut être envisagée. Parmi les gestionnaires de fenêtres correspondant à cette description, citons WindowMaker (paquet wmaker), Afterstep, fvwm, icewm ou encore blackbox. Dans ce cas, il peut être intéressant d'indiquer au système quel gestionnaire de fenêtres privilégier. Pour cela, il est possible de modifier le choix x-window-manager grâce à la commande update-alternatives --config x-window-manager.

Les bureaux modernes et de nombreux gestionnaires de fenêtres disposent de menus donnant la liste des applications accessibles à l'utilisateur. Pour avoir des menus à jour correspondant aux applications réellement disponibles, Debian a créé une base centrale où chaque nouvelle application s'enregistre. Chaque nouveau paquet installé s'ajoute dans cette base et ordonne au système de mettre à jour les différents menus. Cette infrastructure est offerte par le paquet menu.

Chaque paquet disposant d'une application à insérer dans le système de menus dépose un fichier dans le répertoire /usr/share/menu/. Ce fichier décrit les capacités de l'application (graphique ou non, etc.) et l'emplacement qui lui convient le mieux dans la hiérarchie. Le script de post-installation du même paquet appellera update-menus qui se chargera de mettre à jour tous les fichiers nécessaires — mais cette commande ne peut pas connaître tous les types de menus disponibles parmi les applications installées. Chaque paquet intégrant un tel menu dans l'une de ses applications doit donc fournir un fichier exécutable qui recevra en entrée les différents éléments composant le menu, à charge pour lui de transformer ces informations en éléments exploitables par l'application contenant le menu. Ces filtres sont installés dans le répertoire /etc/menu-methods/.

L'administrateur peut également intervenir dans le processus pour influencer les menus générés. La première de ses prérogatives est de pouvoir supprimer un élément du menu même si le logiciel correspondant est installé. Il suffit pour cela qu'il place dans /etc/menu/ un fichier vide portant le nom du paquet dont il souhaite supprimer les entrées. Il peut également réorganiser le menu en changeant le nom de certaines de ses sections ou en en regroupant quelques-unes. Il dispose pour cela du fichier /etc/menu-methods/translate_menus (qui contient des exemples dans ses commentaires). Enfin, il peut ajouter des éléments au menu pour donner un accès à des programmes installés manuellement ou pour exécuter une commande de son choix (comme démarrer un navigateur web sur une page particulière). Ces éléments supplémentaires sont décrits par des fichiers /etc/menu/local.element, qui suivent le même format que tous les autres fichiers disponibles dans le répertoire /usr/share/menu/.