Die installierten Pakete entsprechen den während der Installation ausgewählten Profilen, aber nicht notwendigerweise der tatsächlichen Verwendung des Rechners. Deshalb möchten Sie vielleicht ein Paket-Verwaltungsprogramm benutzen, um die Auswahl der installierten Pakete zu verfeinern. Die zwei am häufigsten verwendeten Programme (die bereits installiert sind, wenn das Profil „Desktop-Umgebung“ ausgewählt wurde) sind apt (über die Befehlszeile zu erreichen) und synaptic ("Synaptic-Paketverwaltung" in den Menüs).

Um die Installation von zueinander passenden Gruppen von Programmen zu erleichtern, erstellt Debian „Aufgaben“, die einem bestimmten Verwendungszweck dienen (Mailserver, Dateiserver, usw.). Sie hatten bereits die Möglichkeit, sie während der Installation auszuwählen, und Sie können sie erneut mit Paket-Verwaltungsprogrammen wie aptitude (die Aufgaben sind in einem besonderen Abschnitt aufgelistet) und synaptic (über das Menü Bearbeiten → Pakete nach Aufgaben vormerken) abrufen.

Aptitude ist eine Schnittstelle für APT im Vollbild-Textmodus. Sie ermöglicht es dem Nutzer, die Liste der verfügbaren Pakete nach verschiedenen Kategorien (installierte oder nicht installierte Pakete, nach Aufgabe, nach Bereich usw.) zu durchsuchen und die für jedes von ihnen verfügbare Information anzusehen (Abhängigkeiten, Konflikte, Beschreibung, usw.). Jedes Paket kann mit „installieren“ (um es zu installieren, die +-Taste drücken) oder „entfernen“ (um es zu entfernen, die --Taste drücken) gekennzeichnet werden. Alle diese Arbeitsgänge werden dann gleichzeitig ausgeführt, sobald Sie sie durch das Drücken der g-Taste („g“ für „go!“) bestätigt haben. Keine Sorge, falls Sie einige Programme vergessen haben; Sie können aptitude erneut benutzen, sobald die erste Installation beendet ist.

Selbstverständlich ist es auch möglich, überhaupt keine Aufgabe für die Installation auszuwählen. In diesem Fall können Sie die gewünschte Software manuell mit dem Befehl apt oder aptitude installieren (beide sind über die Befehlszeile erreichbar). Die Pakete können über den Befehl apt-cache search task keyword gefunden werden.

Ein erstes apt safe-upgrade (ein Befehl zur automatischen Aktualisierung der installierten Programme) ist normalerweise erforderlich, insbesondere für mögliche Sicherheitsaktualisierungen, die seit der Veröffentlichung der letzten stabilen Debian-Version herausgegeben wurden. Diese Aktualisierungen können einige zusätzliche Fragen durch debconf, Debians Standardkonfigurationsprogramm, stellen. Für weitere Informationen zu diesen von apt durchgeführten Aktualisierungen siehe Abschnitt 6.2.3, „Das System aktualisieren“.