Antarmuka grafis hanya menyediakan ruang tampilan. Menjalankan server X saja hanya mengarah ke layar kosong, itulah sebabnya sebagian besar instalasi menggunakan manajer tampilan untuk menampilkan layar otentikasi pengguna dan memulai desktop grafis setelah pengguna mengotentikasi. Tiga manajer tampilan paling populer dalam penggunaan saat ini adalah gdm3 (GNOME Display Manager), sddm (disarankan untuk KDE Plasma), dan lightdm (Light Display Manager). Ada lebih banyak alternatif dan dapat ditemukan dengan mencari paket virtual x-display-manager.

Karena para administrator Falcot Corp telah memilih untuk menggunakan lingkungan desktop GNOME, mereka secara logis juga memilih gdm3 sebagai manajer tampilan. Berkas konfigurasi /etc/gdm3/daemon.conf memiliki banyak pilihan (daftar dapat ditemukan dalam berkas skema /usr/share/gdm/gdm.schemas) untuk mengontrol perilaku sedangkan /etc/gdm3/greeter.dconf-defaults berisi pengaturan untuk "session" (lebih dari sekedar sebuah jendela login, ini adalah desktop yang terbatas dengan manajemen daya dan peralatan terkait aksesibilitas). Perhatikan bahwa beberapa pengaturan paling berguna untuk pengguna dapat di-tweak dengan pusat kendali GNOME.

Karena setiap desktop grafis menyediakan window manager sendiri, window manager mana yang Anda pilih biasanya dipengaruhi oleh desktop mana yang telah Anda pilih. GNOME menggunakan window manager mutter, Plasma menggunakan kwin, dan Xfce (yang kita hadirkan nanti) memiliki xfwm. Filosofi Unix selalu memungkinkan menggunakan window manager pilihan seseorang, namun mengikuti rekomendasi tersebut memungkinkan administrator untuk memanfaatkan secara terbaik upaya integrasi yang dipimpin oleh setiap proyek.

Namun komputer-komputer lama mungkin mengalami kesulitan menjalankan lingkungan-lingkungan desktop grafis kelas berat. Dalam kasus-kasus ini, konfigurasi yang lebih ringanlah (carilah paket virtual x-window-manager) yang mesti digunakan. Manajer jendela yang “Ringan” (atau ber-footprint kecil) termasuk WindowMaker (dalam paket wmaker), afterstep, icewm, blackbox, fluxbox, atau openbox. Dalam kasus-kasus ini, sistem harus dikonfigurasi sehingga manajer jendela yang sesuai memperoleh preseden; cara standar adalah dengan mengubah alternatif x-window-manager dengan perintah update-alternatives --config x-window-manager.

Lingkungan desktop modern dan banyak window manager menyediakan menu berisi daftar aplikasi yang tersedia bagi pengguna. Agar menu tetap mutakhir terkait dengan rangkaian aplikasi yang ada, setiap paket biasanya menyediakan sebuah berkas .desktop dalam /usr/share/applications. Format berkas-berkas tersebut telah distandarkan oleh FreeDesktop.org:

Menu aplikasi dapat disesuaikan lebih lanjut oleh administrator melalui berkas konfigurasi keseluruhan sistem seperti yang dijelaskan oleh "Spesifikasi Menu Desktop". Pengguna akhir juga dapat menyesuaikan menu dengan alat grafis seperti kmenuedit (di Plasma), alacarte (di GNOME), atau menulibre.