Suatu sistem Debian yang diorganisasikan mengikuti Filesystem Hierarchy Standard (FHS). Standar ini mendefinisikan tujuan masing-masing direktori. Sebagai contoh, direktori tingkat paling atas diuraikan sebagai berikut:
/bin/: program-program dasar;
/boot: Kernel Linux dan berkas-berkas lain yang diperlukan untuk proses boot awal;
/dev: berkas peranti;
/etc: berkas konfigurasi;
/home: berkas pribadi pengguna;
/lib: pustaka dasar;
/media/*: titik kait untuk peranti lepas pasang (CD-ROM, flash disk USB, dan sebagainya);
/mnt: titik kait temporer;
/opt: aplikasi ekstra yang disediakan oleh pihak ketiga;
/root: berkas pribadi administrator (root);
/run: data runtime volatile yang tidak bertahan antar reboot;
/sbin: program-program sistem;
/srv: data yang dipakai oleh server yang diwadahi oleh sistem ini;
/tmp: berkas temporer; direktori ini seringkali dikosongkan saat boot;
/usr/: aplikasi; direktori ini dibagi lagi menjadi bin, sbin, lib (menurut logika yang sama seperti dalam direktori root). Selain itu, /usr/share/ berisi data arsitektur-independen. /usr/local/ dimaksudkan untuk digunakan oleh administrator untuk menginstal aplikasi secara manual tanpa menimpa berkas-berkas yang ditangani oleh sistim pemaketan (dpkg).
/var/: data variabel yang ditangani oleh daemon. Ini termasuk berkas log, antrian, spool, cache, dan seterusnya.
Perhatikan bahwa banyak distro modern, termasuk Debian, mengirim /bin, /sbin, dan /lib sebagai symlink ke direktori yang sesuai di bawah /usr sehingga semua program dan pustaka tersedia dalam satu pohon tunggal. Ini membuat lebih mudah untuk melindungi integritas sistem berkas, dan untuk berbagi sistem berkas tersebut di antara beberapa container, dsb.
B.2.2. Direktori Home Milik Pengguna
Isi dari direktori home pengguna tidak distandarkan, tetapi masih ada beberapa konvensi yang patut dicatat. Salah satunya adalah bahwa direktori home pengguna sering disebut dengan sebuah tilde ("~"). Yang sangat berguna untuk diketahui karena interpreter perintah secara otomatis mengganti sebuah tilde dengan direktori yang benar (biasanya /home/pengguna/).
Secara tradisional, berkas konfigurasi aplikasi sering tersimpan langsung di bawah direktori home pengguna, namun nama mereka biasanya mulai dengan sebuah titik (misalnya, klien surel mutt menyimpan konfigurasinya di ~/.muttrc). Perhatikan bahwa nama berkas yang dimulai dengan sebuah titik tersembunyi secara default; dan ls hanya menampilkan daftar mereka ketika opsi -a digunakan, dan manajer berkas grafis harus diberitahu untuk menampilkan berkas yang tersembunyi.
Beberapa program juga memakai berkas-berkas konfigurasi yang diorganisasi dalam sebuah direktori (sebagai contoh, ~/.ssh/). Beberapa aplikasi juga memakai direktori mereka untuk menyimpan suatu singgahan dari data yang diunduh. Ini berarti bahwa direktori-direktori itu pada akhirnya memakai banyak ruang disk.
Berkas konfigurasi ini disimpan secara langsung dalam suatu direktori home pengguna, yang seringkali secara kolektif diacu sebagai dotfiles, telah lama menjamur sampai ke titik dimana dalam direktori ini bertebaran isi mereka. Untung, suatu upaya yang secara kolektif dinaungi oleh FreeDesktop.org telah menghasilkan "XDG Base Directory Specification", Spesifikasi Direktori Dasar XDG, suatu konvensi yang bertujuan membersihkan berkas dan direktori ini. Spesifikasi ini menyatakan bahwa berkas konfigurasi mesti disimpan di bawah ~/.config, berkas singgahan di bawah ~/.cache, dan berkas data aplikasi di bawah ~/.local (atau subdirektorinya). Konvensi ini secara perlahan mengumpulkan dukungan, dan beberapa aplikasi (khususnya yang grafis) telah mulai mengikutinya.
Desktop grafis biasanya menampilkan isi dari direktori ~/Desktop/ (atau apa pun terjemahan yang tepat untuk sistem yang tidak dikonfigurasi dalam bahasa Inggris) pada desktop (yaitu, apa terlihat pada layar setelah semua aplikasi tertutup atau diikonkan).
Akhirnya, sistem surel terkadang menyimpan surel yang masuk ke dalam direktori ~/Mail/.
