I pacchetti installati corrispondono ai profili selezionati durante l'installazione ma non necessariamente all'uso che veramente verrà fatto della macchina. Per questo motivo potrebbe essere una buona idea utilizzare un programma di gestione dei pacchetti per regolare la lista dei pacchetti installati. I due strumenti più utilizzati (che sono installati se è stato attivato il profilo "Ambiente desktop Debian") sono apt (accessibile da riga di comando) e synaptic (“Gestore pacchetti Synaptic“ nel menu).

Per facilitare l'installazione di gruppi di programmi coerenti, Debian crea dei "task" per utilizzi specifici (server di posta, file server, ecc.). Durante l'installazione si ha già avuto la possibilità di selezionarli, è possibile selezionarli nuovamente grazie ai programmi di gestione dei pacchetti come aptitude (i task sono elencati in una sezione apposita) e synaptic (attraverso il menu Modifica → Seleziona per attività…).

Aptitude è un'interfaccia di APT in modalità testo a schermo intero. Permette all'utente di navigare nell'elenco dei pacchetti disponibili secondo diverse categorie (pacchetti installati o non installati, per attività, per sezione, ecc.), di visualizzare tutte le informazioni disponibili su ciascuno di essi (dipendenze, conflitti, descrizione, ecc.). Ogni pacchetto può essere contrassegnato come "install" (da installare, tasto +) o "remove" (da rimuovere, tasto -). Tutte queste operazioni saranno condotte simultaneamente, una volta che sono state confermate premendo il tasto g ("g" sta per "go!"). Se sono stati dimenticati alcuni programmi, non ci si deve preoccupare; sarà possibile eseguire nuovamente aptitude una volta l'installazione è stata completata.

Naturalmente, è possibile non selezionare alcun task da installare. In questo caso, è possibile installare manualmente il software desiderato con il comando apt o aptitude (entrambi accessibili dalla riga di comando). I pacchetti possono essere trovati usando il comando apt-cache search task keyword.

È solitamente necessario un primo apt upgrade (un comando usato per aggiornare automaticamente tutti i programmi installati), specialmente per eventuali aggiornamenti di sicurezza distribuiti dopo il rilascio dall'ultima versione stabile di Debian. Questi aggiornamenti possono comportare domande aggiuntive poste attraverso debconf, lo strumento di configurazione predefinito di Debian. Per ulteriori informazioni su come apt effettua questi aggiornamenti, fare riferimento alla Sezione 6.2.3, «Aggiornamento del sistema».