Et Debian-system er organisert i tråd med Filesystem Hierarchy Standard (FHS). Denne standarden definerer formålet med hver mappe. For eksempel er toppnivå-mapper beskrevet som følger:
/bin/: grunnleggende program;
/boot/: Linux-kjernen og andre filer som kreves til den tidlige oppstartsprosessen;
/dev/: enhetsfiler;
/etc/: Oppsettsfiler;
/home/: brukerens personlige filer;
/lib/: grunnleggende bibliotek;
/media/*: monteringspunkter for flyttbare enheter (CD-ROM, USB-minnepinner, og så videre);
/mnt/: midlertidig monteringspunkt;
/opt/: ekstra programmer levert av tredjeparter;
/root/: administrator (root) sine personlige filer;
/run/: flyktige kjøretidsdata som ikke overlever omstart;
/sbin/: systemprogram;
/srv/: data brukt av tjenere som kjører på dette systemet;
/tmp/: midlertidige filer; denne mappen tømmes ofte ved oppstart;
/usr/: programmer; denne katalogen er videre inndelt i bin, sbin, lib (følger samme logikk som i rotmappen). Videre inneholder /usr/share/ arkitekturuavhengige data. /usr/local/ er ment til å brukes av administrator for å installere programmer manuelt uten å overskrive filer som håndteres av pakkesystemet (dpkg).
/var/: data som endrer seg og håndteres av bakgrunnsprosesser. Dette inkluderer loggfiler, køer, utskriftskøer, hurtiglagre og så videre.
Merk at mange moderne distribusjoner, inkludert Debian, lar /bin, /sbin og /lib være symbolske lenker til de tilsvarende katalogene under /usr slik at alle programmer og biblioteker er tilgjengelig i et enhetlig tre. Det gjør det enklere å beskytte integriteten til systemfilene, og å dele disse systemfilene mellom ulike kontainere, og så videre.
B.2.2. Brukerens hjemmeområde
Innholdet i en brukers hjemmeområde er ikke standardisert, men det er fortsatt noen få nevneverdige konvensjoner. Den ene er at en brukers hjemmemappe ofte er referert til med en krøllstrek («~»). Det er nyttig å vite fordi kommandokonsollen automatisk erstatter en krøllstrek med riktig katalog (vanligvis /home/bruker/).
Tradisjonelt er programoppsettsfiler ofte lagret direkte i brukerens hjemmeområde, men filnavnene deres starter vanligvis med et punktum (for eksempel lagrer e-postklient mutt oppsettet i ~/.muttrc). Merk at filnavn som starter med et punktum it utgangspunktet er skjult; og ls viser dem bare når -a-argumentet blir brukt, og grafiske fil-håndterere må gis beskjed om å vise skjulte filer.
Noen programmer bruker også flere oppsettsfiler organisert i en mappe (for eksempel, ~/.ssh/). Noen programmer bruker også sin mappe som et mellomlager med nedlastede data. Dette betyr at disse mappene kan ende med å bruke mye diskplass.
Disse oppsettsfilene som er lagret direkte i brukerens hjemmekatalog, som ofte kollektivt er referert til som dotfiler, har lenge økt i omfang til et punkt der disse mappene kan bli ganske overfylte av dem. Heldigvis resulterte en innsats gjennomført i fellesskap under FreeDesktop.org-paraplyen, i «XDG Base Directory Specification», en overenkomst som tar sikte på å rydde opp i disse filene og mappene. Denne spesifikasjonen sier at oppsettsfiler bør lagres under ~/.config/, mellomlagerfiler under ~ /.cache/, og applikasjonsdatafiler under ~/.local/ (eller undermapper under denne). Denne overenkomsten er langsomt i ferd med å slå igjennom, og flere programmer (spesielt de grafiske) har begynt å følge denne.
Grafiske skrivebord viser vanligvis innholdet i ~/Desktop/-katalogen på skrivebordet (eller hva den riktige oversettelsen er for systemer som ikke er satt opp på engelsk, det vil si det som er synlig på skjermen når alle programmer er lukket eller vises som ikoner).
Til slutt, e-postsystemet lagrer noen ganger innkommende e-poster til en ~/Mail/-mappe.
