Os pacotes instalados correspondem aos perfis selecionados durante a instalação, mas não necessariamente ao uso que realmente vai ser feito da máquina. Desta forma, você pode querer usar uma ferramenta de gerenciamento de pacotes para refinar a seleção dos pacotes instalados. As duas ferramentas mais frequentemente usadas (que estarão instaladas se o perfil "Ambiente de área de trabalho Debian" - Debian desktop environment - tiver sido escolhido) são o apt (acessível pela linha de comando) e o synaptic ("Gestor de Pacotes Synaptic" nos menus).

Para facilitar a instalação de grupos coerentes de programas, o Debian cria "tarefas" que são dedicadas a usos específicos (servidor de e-mail, servidor de arquivos, etc.). Você já teve a oportunidade de selecioná-las durante a instalação, e pode acessá-las de novo graças a ferramentas de gestão de pacotes como o aptitude (as tarefas são listadas em uma seção distinta) e o synaptic (através do menu Editar → Marcar Pacotes por Tarefa…).

O Aptitude é uma interface para o APT em modo texto e tela cheia. Com ele o usuário pode navegar na lista de pacotes disponíveis segundo várias categorias (pacotes instalados ou não-instalados, por tarefa, por seção, etc), e para ver toda a informação disponível em cada um deles (dependências, conflitos, descrição, etc.). Cada pacote pode ser marcado com "instalar" (para ser instalado, tecla +) ou “remover” (para ser removido, tecla - key). todas estas operações serão conduzidas simultaneamente uma vez que você tenha confirmado elas ao pressionar a tecla g ("g" de "go!", "vai" em inglês). Se você esqueceu alguns programas, sem problema; você pode rodar o aptitude novamente depois que terminar a instalação.

Obviamente, é possível não selecionar nenhuma tarefa para instalar. Neste caso, você pode instalar manualmente o software desejado com o comando apt ou aptitude (que são ambos acessíveis pela linha de comando). Os pacotes podem ser encontrados usando o comando apt-cache search task palavra-chave.

Um primeiro apt upgrade (um comando usado para atualizar automaticamente os programas instalados) é geralmente necessário, especialmente devido a possíveis atualizações de segurança lançadas desde o lançamento da última versão estável do Debian. Estas atualizações podem envolver algumas questões adicionais via debconf, a ferramenta de configuração padrão do Debian. Para mais informações sobre estas atualizações conduzidas pelo apt, verifique em Seção 6.2.3, “Atualização do sistema”.