La interfície gràfica només proporciona espai de visualització. Executar el servidor X per si mateix només condueix a una pantalla buida, que és per això que la majoria de les instal·lacions utilitzen un gestor de pantalla o «display manager» per mostrar una pantalla d'autenticació d'usuari i iniciar l'escriptori gràfic una vegada que l'usuari s'ha autenticat. Els tres gestors de pantalla més populars segons l'ús actual són gdm3 (GNOME Display Manager), sddm (suggerit pel Plasma del KDE) i lightdm (Light Display Manager). Existeixen més alternatives que es poden trobar cercant pel paquet virtual x-display-manager.

Atès que els administradors de Falcot Corp han optat per utilitzar l'entorn d'escriptori GNOME, lògicament trien gdm3 també com a gestor de pantalla. El fitxer de configuració /etc/gdm3/daemon.conf té moltes opcions (la llista es pot trobar al fitxer d'esquemes /usr/share/gdm/gdm.schemas) per controlar el seu comportament mentre que /etc/gdm3/greeter.dconf-defaults conté ajustos per a la "sessió d'inici" (més que una finestra d'inici de sessió, és un escriptori limitat amb eines relacionades amb la gestió d'energia i l'accessibilitat). Tingueu en compte que alguns dels ajustos més útils per als usuaris finals es poden afinar amb el centre de control del GNOME.

Atès que cada escriptori gràfic proporciona el seu propi gestor de finestres, el gestor de finestres que s'escull normalment està influenciat per l'escriptori que heu seleccionat. GNOME utilitza el gestor de finestres mutter, el Plasma utilitza kwin, i Xfce (que presentarem més tard) té xfwm. La filosofia Unix sempre permet utilitzar el gestor de finestres que hom tria però, seguint les recomanacions, un administrador pot aprofitar millor els esforços d'integració dirigits per cada projecte.

Els ordinadors més vells poden, no obstant això, tenir dificultats per executar entorns gràfics d'escriptori pesats. En aquests casos, s'hauria d'utilitzar una alternativa més lleugera (cerqueu el paquet virtual x-window-manager). Els gestors de finestres «light» (o de càrrega “petita”) inclouen WindowMaker (al paquet wmaker), afterstep, icewm, blackbox, fluxbox, o openbox. En aquests casos, el sistema s'ha de configurar perquè el gestor de finestres adequat tingui prioritat; la manera estàndard és canviar l'alternativa x-window-manager amb l'ordre update-alternatives --config x-window-manager.

Els entorns d'escriptori moderns i molts gestors de finestres proporcionen menús que llisten les aplicacions disponibles per a l'usuari. Per tal de mantenir els menús actualitzats en relació amb el conjunt real d'aplicacions disponibles, cada paquet normalment proporciona un fitxer .desktop a /usr/share/applications. El format d'aquests fitxers ha estat estandarditzat per FreeDesktop.org:

Els menús de les aplicacions es poden personalitzar encara més pels administradors a través de fitxers de configuració a nivell de sistema tal com es descriu a la «Desktop Menu Specification» o “Especificació del menú de l'escriptori”. Els usuaris finals també poden personalitzar els menús amb eines gràfiques com kmenuedit (amb el Plasma), alacarte (amb GNOME) o menulibre.