Paket terinstall menyesuaikan profil yang terpilih ketika instalasi, namun tidak selalu ke penggunaan yang akan dibuat atas mesin. Maka, Anda mungkin ingin menggunakan alat manajemen paket untuk mempertajam pilihan paket yang telah terinstall. Dua alat yang paling sering digunakan (yang terinstall jika profil "Lingkungan desktop Debian" telah dipilih) ialah apt (dapat diakses dari baris perintah) dan synaptic ("Synaptic Manajer Paket" di menu).

Untuk memfasilitasi instalasi kelompok program yang koheren, Debian membuat "tasks" yang didedikasikan untuk penggunaan khusus (server mail, server berkas, dll.). Anda telah memiliki kesempatan untuk memilihnya ketika instalasi, dan Anda dapat mengaksesnya lagi terima kasih pada alat manajemen paket seperti aptitude (tasks terdaftar pada bagian yang berbeda) dan synaptic (melalui menu Sunting → Tandai Paket dengan Task…).

Aptitude ialah antar muka ke APT dalam mode teks layar-penuh. Memungkinkan pengguna untuk menjelajah daftar paket yang tersedia berdasarkan berbagai kategori (paket terinstal atau tidak terinstal, berdasarkan tugas, pilihan, dll.), dan menampilkan seluruh informasi yang tersedia pada setiap dari mereka (ketergantungan, konflik, penjelasan, dll.). Setiap paket dapat ditandai "instal" (untuk diinstal, tombol +), atau "remove" (untuk dibuang, tombol -). Seluruh operasi ini dapat dilakukan secara simultan setelah Anda mengkonfirmasi dengan menekan tombol g ("g" untuk "go!"). Jika Anda lupa beberapa program, tidak usah khawatir, Anda akan dapat menjalankann aptitude lagi setelah instalasi tadi telah selesai.

Tentu saja, memungkinkan untuk tidak memilih tugas apa pun untuk diinstall. Dalam kasus ini, Anda dapat menginstall secara manual perangkat lunak yang diinginkan dengan perintah apt atau aptitude (yang keduanya dapat diakses dari baris perintah). Paket dapat ditemukan memakai perintah apt-cache search task kata kunci.

apt upgrade pertama (perintah yang digunakan untuk memperbarui program yang terinstal secara otomatis) umumnya diperlukan, terutama untuk memperbarui keamanan yang mungkin dikeluarkan sejak rilis versi stabil Debian terbaru. Pembaruan ini mungkin melibatkan beberapa pertanyaan tambahan melalui debconf, alat konfigurasi standar Debian. Untuk informasi lebih lanjut tentang pembaruan yang dilakukan oleh apt ini, silakan merujuk ke Bagian 6.2.3, “Pembaharuan Sistem”.